בארכיון לתולדות 'ההגנה' מצויים לא מעט אוספים ייחודיים, ושלושה מהם יוצגו כאן.
אוסף המחלקה לחקירות פליליות במשטרת המנדט (Criminal Investigation Department – CID)
אוסף זה כולל כ-150,000 תעודות, רובן ככולן באנגלית, ובהן מידע מודיעיני נרחב שאספה המחלקה לחקירות פליליות ('הבולשת' בלשון היישוב) בארץ-ישראל ובחו"ל בתקופת המנדט, והנוגע ליישוב היהודי ולקהילה הערבית בארץ. האוסף משקף את המעקב שניהלו הבריטים אחר המנהיגות היהודית והערבית הפלסטינית, מוסדות מדיניים, פוליטיים, כלכליים ותרבותיים, מפלגות ותנועות, מחתרות וגופים צבאיים-למחצה, ארגוני נוער, ועוד.
ניתן למצוא באוסף זה, למשל, ידיעות וסקירות על הסוכנות היהודית לארץ-ישראל, הוועד הלאומי לכנסת ישראל, 'ההגנה', אצ"ל ולח"י, המפלגה הקומוניסטית של פלשתינה (פאלעסטינישע קומוניסטישע פארטיי – פק"פ), הוועד הערבי העליון, אל-נג'אדה ואל-פותווה.
אוסף הפרויקט הבינאוניברסיטאי לחקר ההעפלה ע"ש שאול אביגור
הפרויקט רוכז באוניברסיטת תל אביב והתקיים בשנות השמונים והתשעים של המאה הקודמת. במסגרתו הוכנו לצורכי מחקר היסטורי העתקים מצולמים ומיקרופילמים של תעודות הנוגעות להעפלה ושמורות בעשרות רבות של ארכיונים בישראל ובמדינות אחרות. באוסף גם עדויות רבות שנגבו עבור הפרויקט מאנשי 'ההגנה' שהיו מעורבים במפעל ההעפלה ומעוֹלים. על בסיס התיעוד שנאסף נכתבו ופורסמו עשרות ספרי מחקר ומאמרים מדעיים על ההעפלה.
ארכיון הפרויקט, הכולל עשרות אלפי תעודות, הועבר בשלמותו לארכיון לתולדות 'ההגנה' בשנת 2000. רמת המפתוח הגבוהה של תיעוד זה מאפשרת לאתֵר ביעילות תעודות הנוגעות להיבטים השונים של ההעפלה, בהם בין היתר פעילות שליחי 'ההגנה' בארצות השונות; מחנות העקורים; ארגון קבוצות עולים; הבריחה; העפלה ימית ויבשתית; ומחנות המעצר הבריטיים בקפריסין.
אוסף ספרות ההנצחה
בספריית הארכיון לתולדות 'ההגנה' שמורים מאות ספרים וחוברות שבהם הונצחו נופלים מראשית ההתיישבות הציונית בארץ ועד מלחמת העצמאות. רוב הפריטים באוסף זה מוקדשים לחברי 'ההגנה' שנפלו בתקופת המנדט וללוחמי 'ההגנה' וצה"ל שנפלו במלחמת העצמאות, ובמיעוטם מונצחים חברי 'השומר', אצ"ל ולח"י, תנועת הנוער בית"ר, אזרחים שנרצחו במאורעות 1929 ו-1936–1939, ועוד.
הספרים והחוברות הוכנו ופורסמו בידי בני משפחות הנופלים, ידידים, חברים לנשק, יישובים וערים, חברות ציבוריות ופרטיות, בתי ספר, ועוד, ולאחר קום המדינה גם בידי משרד הביטחון. פרסומים אלה כוללים בדרך כלל ציונים ביוגרפיים על הנופלים, תצלומים שלהם, זיכרונות ורשימות על חייהם וזמנם, וכן חיבורים ושירים, מכתבים וקטעי יומן, ציורים ורישומים משלהם.
בעשורים האחרונים נעשה חקר השכול וההנצחה נושא חשוב בארץ ובעולם הן להיסטוריונים והן לחוקרים מתחומים נוספים במדעי הרוח והחברה, כגון ספרות, אמנות, גיאוגרפיה, סוציולוגיה, אנתרופולוגיה ופסיכולוגיה. ספרות ההנצחה השמורה בארכיון לתולדות 'ההגנה' עשויה לשמש לא רק לחקר השכול וההנצחה – היא גם מקור עשיר לחקר החברה היישובית, תולדותיה, ערכיה ותרבותה. הרשימות והתצלומים, המכתבים והיומנים, החיבורים, השירים והציורים, מספקים להיסטוריונים ולחוקרים אמצעים מגוונים ומהימנים להתקרב לתודעתם של בני הזמן, להבין את עולמם על אמונותיו ורעיונותיו, תקוותיו וקשייו, להכיר את דרכי כתיבתם ודיבורם ואת הדימיון החזותי שלהם.
מימין לשמאל: החוברת יצחק זמיר (עברון, תש"ט), לזכרו של אחד מטובי הסיירים בפלמ"ח שנפל במלחמת העצמאות; הספר חברינו שנפלו: יד לנופלים במלחמת השחרור מבין העובדים ובני העובדים בחברת החשמל לארץ-ישראל, חיפה ומחוז הצפון (חיפה, 1951); הספר אליהו הרשקוביץ (תל אביב, תש"ז), לזכרו של אחד המדריכים הבולטים בלשכת ההדרכה (לה"ד) במטכ"ל 'ההגנה', שהתנדב לחטיבה היהודית הלוחמת (חי"ל) בצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה ונפל באיטליה באפריל 1945; והספר טוביה קושניר: מחקרי-טבע ומכתבים (תל אביב, תש"ט), לזכרו של אחד מן הל"ה שנפלו בינואר 1948 בדרכם לגוש עציון, איש הפלמ"ח, בוטנאי חובב וסטודנט מבטיח לביולוגיה באוניברסיטה העברית.