מלבד פרסום כתב העת של הארכיון לתולדות 'ההגנה'
ההגנה: מחברות מחקר, שותף הארכיון בהכנה, הפקה ופרסום של סדרת הספרים
תש"ח – המלחמה על הערים, המוקדשת לחקר המערכה על
הערים הערביות והמעורבות במלחמת העצמאות. העורך הראשי של הסדרה הוא פרופ' אלון
קדיש מן החוג להיסטוריה באוניברסיטה העברית ולשעבר ראש המכון לחקר ארץ-ישראל
ויישובה ביד יצחק בן-צבי וראש מחלקת היסטוריה במטכ"ל. לסדרה מערכת מדעית ובה חוקרים
מאוניברסיטאות שונות בארץ, העוסקים בהיסטוריה של היישוב ומדינת ישראל, הערבים הפלסטינים
וגיאוגרפיה היסטורית.
הסדרה אינה מכוונת רק לפרסום מחקרים מעודכנים של ההיבט הצבאי של המערכה בערים, והספרים בדרך כלל נדרשים להיבטים חשובים נוספים כגון הרקע הגיאוגרפי-היסטורי של העיר ותחומי חברה וכלכלה. דגש מיוחד ניתן לשחזור מלא ככל הניתן של הצד הערבי, תוך הסתמכות על מקורות ראשוניים. מאפיין בולט במיוחד של הסדרה הוא שכל ספר נחלק לשניים – לחלק המחקרי ולמבחר מקיף ומגוון של תעודות, הכולל בעיקר מקורות ראשוניים שטרם ראו אור, רבים מהם מן הארכיון לתולדות 'ההגנה' ומארכיון צה"ל ומערכת הביטחון, וכן מארכיונים נוספים בארץ ובחוץ-לארץ.
עד כה פורסמו חמישה ספרים בסדרה:
אלון קדיש, אברהם סלע וארנון גולן,
כיבוש לוד, יולי 1948, ישראל: משרד הביטחון – ההוצאה לאור והארכיון לתולדות 'ההגנה', 2000
משה ארנוולד,
מצור בתוך מצור: הרובע היהודי בירושלים העתיקה במלחמת העצמאות, ישראל: מכון בן-גוריון לחקר ישראל, הציונות ומורשת בן-גוריון, העמותה לחקר כוח המגן ע"ש ישראל גלילי, משרד הביטחון – ההוצאה לאור והארכיון לתולדות 'ההגנה', 2004
תמיר גורן,
חיפה הערבית בתש"ח: עוצמת המאבק וממדי ההתמוטטות, ישראל: מכון בן-גוריון לחקר ישראל, הציונות ומורשת בן-גוריון, משרד הביטחון – ההוצאה לאור והארכיון לתולדות 'ההגנה', 2006
אלון קדיש ומשה ארנוולד,
קרבות יבוסי, ישראל: משרד הביטחון – ההוצאה לאור וצה"ל-אמ"ץ-תוה"ד: המעבדה התפיסתית – המרכז לחקר ההפעלה ובניין הכוח, 2008
ארנון גולן, יעקב פלג, אלון קדיש ויונה בנדמן,
המערכה על יפו בתש"ח, ישראל: הוצאת אוניברסיטת בן-גוריון, מכון בן-גוריון לחקר ישראל והציונות והארכיון לתולדות 'ההגנה', 2017
