בהתאם לתקנות העיון בחומר ארכיוני המופקד בגנזך, התש"ע 2010 – לחומר מסווג בנושאי צבא וביטחון קיימת תקופת הגבלה של חמישים שנה, שרק אחריה ניתן להעמידו לעיון הציבור בנוהל הרגיל.
חשיפת תיקים ומסמכים שנוצרו לפני פחות מחמישים שנה מחייבת את אישורה של ועדה מיוחדת שהוקמה למטרה זו: "הוועדה המשרדית לאישור עיון בחומר ארכיוני מוגבל". הוועדה, שבראשה עומדת מנהלת הארכיון, מתכנסת כשלוש פעמים בשנה. טופס בקשה לעיון בחומר ארכיוני מוגבל.
אולם, גם בתום תקופת ההגבלה חייב כל תיק או מסמך בבדיקה טרם חשיפתו לציבור, זאת בשל חשש לפגיעה בביטחון המדינה, ביחסי החוץ שלה או בצנעת הפרט.
לקריטריונים מפורטים בנושא, ראה מסמך הקריטריונים.
הערכה היא כי מתוך למעלה ממיליון תיקים ענייניים מן השנים 1966-1948 יש אפשרות לחשוף כ-300,000 תיקים: תיקי המטה הכללי מרמת ענף ומעלה, תיקי לשכות אלופים, מפקדות חילות צה"ל, תיקי יחידות לוחמות, תיקים מתקופות לחימה וכו'.
המשאבים העומדים לרשות הארכיון מאפשרים לחשוף רק חלק מן החומר. עד עתה הועמדו לעיון הציבור כ-50,000 תיקים, רובם מן השנים 1966-1947.
בעדיפות ראשונה, הארכיון חושף תיקים במענה לפניות. בנוסף לכך נחשפים תיקים באופן שיטתי, ביוזמת הארכיון.
כך, למשל, הועמדו לעיון הציבור תיקים של לשכת הרמטכ"ל, לשכת ראש אג"ם, מחלקות אג"ם (מבצעים, תכנון והדרכה), לשכות מפקדי חילות הים והאוויר, יחידות משרד הביטחון, ופרסומי מודיעין.
לקראת יוני 2017 עוסקים עובדי הארכיון בחשיפת חומר ממלחמת ששת הימים.
התיקים שהועמדו לעיון הציבור נסרקים למערכות המחשב של הארכיון, וניתן לעיין בהם בעמדות המחשב בחדר העיון במקום.
במקביל, הארכיון מעמיד לעיון הציבור גם את רשימות המצאי שלו. ניתן לאתר במחשבי חדר העיון תיקים שטרם נחשפו, ולבקש את חשיפתם.
בעתיד, בכוונתנו לאפשר עיון מרחוק, באמצעות חדר עיון ממוחשב שניתן יהיה להגיע אליו דרך אתר האינטרנט של הארכיון.