בארכיון צה"ל ומערכת הביטחון מצויים למעלה מעשרה מיליון תיקים. רובם הגדול התקבלו מיחידות צה"ל, ומיעוטם מגורמי משרד הביטחון. כמחציתם תיקים נושאיים-ענייניים, וכמחציתם הם תיקי פרט.
תיקים ענייניים
מדובר בתיקים העוסקים בעניין מסוים, בנושא מסוים.
בשנת 1958 הונהג במשרד הצה"לי "מפתח התיוק האחיד", והחל מאז נוצרים התיקים הענייניים של יחידות צה"ל בנושאים קבועים. המפתח כולל 23 נושאים ראשיים המבטאים את תחומי הפעילות העיקריים של המשרדים הצבאיים.
קיימים כמובן גם נושאי משנה, אך יחידות רבות אינן מנצלות את כל האפשרויות הקיימות במפתח, ומסתפקות ברישום התיקים על פי הנושאים הראשיים: אספקה, אפסנאות, דת, הדרכה, הנדסה, חיל האוויר, חינוך, חימוש, חוק ומשפט, חיל הים, כוח אדם, כספים, מבצעים, מודיעין, מחשוב, מנהלה, משטר ושיטור, קידום וסיווג, קשר ואלקטרוניקה, רפואה, תובלה, תנאי שירות.
כדאי לציין כי בשנים האחרונות גורם ניהול המשרדים באמצעות מערכות מחשב לא אחת לתיוק שלא בהתאם למפתח.
על-פי פקודת מטכ"ל 30.0601, כל יחידה מעבירה לארכיון את התיקים שברשותה כשהם מלווים ברשימת הפקדה. רשימות המצאי של הארכיון כוללות את כל רשימות ההפקדה שהתקבלו מן היחידות. למעט מקרים בודדים, כולן מוזנות למערכת המחשב הפנימית של הארכיון.
לא כל התיעוד שנוצר בצה"ל נגנז בארכיון. תיקים הכוללים תעודות אשר נקבעה להן תקופת החזקה קצרה מבוערים ביחידות, באישור הארכיון. תיקים אחרים מבוערים על-ידי הארכיון כעבור שנים.
נתוני התיק המתקבלים מן היחידה הם: שם היחידה היוצרת, נושא התיק, תאריכי המסמך המוקדם והמסמך המאוחר, סימול התיק ביחידה, והסיווג הביטחוני. הארכיון מוסיף, בעת קליטת התיק, את מספרו בארכיון וכתובתו במחסן.
מספר התיק בארכיון מורכב משלושה חלקים. מימין לשמאל, שנת קליטת התיק, בארבע ספרות; מספר משלוח שנתי; מספר התיק במשלוח.
לעתים הארכיון מטייב את נתוני התיקים, כלומר לחלקם נרשם תקציר או תיאור מפורט (אבסטרקט) שמטרתו לסייע באיתור מסמכים. כאשר תיק נבדק ב"צוות חשיפת חומר" או נסרק למחשב, סטטוס החשיפה והסריקה נרשמים במערכת המחשב.
הארכיון ממעט להשתמש במונח "חטיבת חומר": כל התיקים שהתקבלו מיחידה אחת נחשבים לחטיבת חומר אחת, ללא חלוקה לתקופות.
השירות מתיקים ענייניים
מאגר המידע של ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון מאפשר איתור ברמה סבירה של רוב התיעוד המבוקש.
השירות לציבור מתבצע בשני צירים:
הראשון: חיפוש עצמאי בתיקים העומדים לעיון הציבור, באמצעות מערכת חדר העיון. עובדי הארכיון מדריכים את הפונים, מסייעים להם, ובמקרה הצורך אף מאתרים עבורם תיקים.
עד כה הועמדו לעיון הציבור כ-50,000 תיקים.
בשלב זה מתבצע העיון בשטח הארכיון בלבד, אך בעתיד בכוונתנו להקים חדר עיון מקוון.
השני: חיפוש מידע על-ידי עובדי הארכיון. לעתים הדבר נדרש כי החומר המבוקש, או חלק ממנו, עדיין אינו עומד לעיון הציבור.
מערכת המחשב בחדר העיון מאפשרת לאתר תיקים שטרם נחשפו ולבקש להעמידם לעיון הציבור. בקשות כאלה נבדקות תחילה ב"יחידה למעיינים לציבור". עובדי היחידה יכולים לבחור תיקים נוספים שיועברו לחשיפה, או להציע חלופות לתיקים שבחר המעיין. צוות חשיפת חומר ארכיוני בודק את התיקים וקובע אם ניתן לחשוף אותם.
סטטוס החשיפה שנקבע לתיק אחרי בדיקת צוות החשיפה עשוי להיות גלוי (כל התיק עומד לעיון הציבור), מעורב (בתיק מסמכים או פרטים שלא ניתן להעמידם לעיון הציבור), או חסוי (התיק כולו לא יועמד לעיון הציבור).